Město Waldkirchen bylo založeno na přelomu 11. a 12. století jako nová farnost, odtud tedy pochází i název: kostel v lese. Odtud se také odvozuje městský znak, na kterém je strom a kostel. Bylo potřeba založit nové město na tomto místě, protože soumaři si potřebovali po přibližně 25 – 30 km, které mohli ujít za jeden den, někde odpočinout. První písemná zmínka pochází z roku 1203. Od roku 1256 bylo obyvatelům Waldkirchenu povoleno provozovat soumarství, do té doby mohli po Zlaté stezce jezdit pouze obchodníci z Čech.
Pasovští biskupové přidělili Waldkirchenu trhové právo (potvrzeno v roce 1285) a později výhradní právo skladování soli. Soumaři se zde po jednodenním pochodu z Pasova (případně z opačného směru z Volar) museli zastavit na noc, odpočinout si, postarat se o koně, zatímco sedláci z okolí zde nabízeli své výrobky k prodeji. Waldkirchen se díky týdenním trhům, které zde vznikly, stal bohatým a živým městem.
Po tom, co byly trhy několikrát ohroženy násilnými výpady z Čech, nechal pasovský biskup v letech 1460 – 1470 obehnat Waldkirchen hradbami, které se částečně dochovaly dodnes. Nachází se zde i Muzeum Zlaté stezky.
Když se na Zlaté stezce přestalo v 17. století obchodovat, pořádaly se ve Waldkirchenu především dobytkářské trhy. Kromě toho se zde konaly i poutě k Boží Matce z Frischecku a o něco později než na jiných místech Bavorského lesa pronikl do Waldkirchenu i turismus.
